Visual Studio Codeのソース管理の左側のメニューで通知が煩わしいです。
ただ、それを消そうと「変更を破棄」を選択するとファイルが削除されてしまいます。
これは削除されたファイルを復元することができないので、通知を消したいのなら「変更を破棄」ではなく「.gitignoreに追加」を選択します。
すると.gitignoreにファイル名が追加され、以後変更してもステージングなどのgitの対象にならず、変更の通知が出なくなります。
元に戻すには.gitignoreファイルから該当のファイル名を削除して保存します。